Ağcabədi şəhər Heydər Əliyev prospekti 217 ünvanında yerləşən Heydər Əliyev Mərkəzinin təməli 15 iyun 2006-cı il tarixdə qoyulmuşdur. 01 fevral 2007-ci ildə istifadəyə verilmişdir. 17 yanvar 2008-ci ildə Prezident İlham Əliyevin və Mehriban xanım Əliyevanın Ağcabədiyə ilk səfəri zamanı rəsmi açılışı olmuşdur. 2007-ci ildən 2012-ci ilin fevral ayına qədər Heydər Əliyev Muzeyi kimi fəaliyyət göstərmişdir. Heydər Əliyev Muzeylərinin fəaliyyətlərinin genişləndirilməsi ilə əlaqədar olaraq 01 fevral 2012-ci il tarixdən Muzey Heydər Əliyev Mərkəzi adlandırılmışdır. Mərkəzin sahəsi 807 m2, həyətyanı sahəsi isə 880 m2-dir. Mərkəz 3 mərtəbədən ibarətdir. Mərkəzin birinci və ikinci mərtəbəsində mövcud olan otaqların sayı 12-dir. Üçüncü mərtəbədə isə sahəsi 269 m2 olan 2 ekspozisiya zalı var.
Ağcabədi rayon Heydər Əliyev Mərkəzində “Tikiş”, “Toxuculuq”, “Maraqlar özrə əl işləri”, “Rəsm”, “Xalçaçılıq” və “Həvəskar aktyorluq” kursları fəaliyyət göstərir.
Hazırda Mərkəzdə 547 ədəd eksponat vardır. Eksponatlar aktlaşdırılmış, elmi təsvir vərəqələri yazılmış, daxilolma kitabına qeyd edilmişdir.
Heydər Əliyevin Ağcabədiyə səfərlərinə dair materialların toplanması üçün Mərkəzin nəzdində 17 nəfərdən ibarət Tədqiqat qrupu yaradılmışdır. Tədqiqat qrupunun iştirakı ilə Heydər Əliyev ilə bağlı 43 ədəd foto, 2 ədəd disk, 1 ədəd Heydər Əliyevin 1982-ci ildə Ağcabədiyə səfəri ilə bağlı kinolent əldə olunmuşdur. Heydər Əliyevin Ağcabədiyə etdiyi bütün səfərlərinə dair fotoşəkillər AzərTac-ın arxivindən əldə edilmişdir. Bundan əlavə, həmin səfərlərdən bəhs edən qəzetlər M.F.Axundov adına Milli kitabxananın arxivindən əldə edilərək surətləri çıxarılmışdır.
Mərkəzdə 6 nəfər işçi çalışır ki, bunlardan 5 nəfəri ali, 1 nəfəri isə ümumorta təhsillidir. Heydər Əliyev Mərkəzi müasir inventarlarla təchiz edilmişdir.
Ağcabədi rayon Heydər Əliyev Mərkəzi 